Actualul Muzeu de Ştiinţe Naturii Aiud a fost înființat în anul 1622 de către principele Gabriel Bethlen (1580-1629) în Alba Iulia, iar în anul 1662, principele Mihai Apafi I l-a mutat în Aiud, unde se află și în prezent. În cadrul colegiului, în anul 1796, a fost înființat Muzeul de Științele Naturii din Aiud. Întemeietorul a fost profesorul Ferenc Benkő (1745-1816), mineralog transilvănean, un cunoscut naturalist, care a pus temeliile organizării științifice ale muzeului din Aiud.

Acest muzeu se poate lăuda cu o gamă largă de obiecte din natură, repartizate pe categorii precum: mineralogie, paleontologie, botanică, numismatică, etnografie și alte obiecte și sculpturi antice. Patrimoniul muzeal continuă să crească datorită cumpărării, donării și colectării la care se adaugă și munca elevilor și profesorilor din cadrul colegiului. Piesele care au îmbogățit colecția muzeului în număr de aproximativ 30.000 sunt expuse în trei diferite săli, fiecare specifică în felul ei.

Colecția de roci și minerale conține eșantioane din țara noastră, mai ales din județul Alba. Se pot vedea eșantioane de cuarț, opal, jasp aflate în zonele învecinate cu Aiudul. Sarea provine din Ocna Mureș, aur, pirită și cuarț din zona Abrud, Roșia Montană, precum și marmură, gresie, granit, bazalt, calcar etc. Interesante sunt de văzut și fragmentele din meteorit, care în urmă cu 130 de ani a căzut la Mociu, județul Cluj, iar profesorul universitar Ion Al. Maxim, ca martor, a descris acest fenomen. Fragmentele meteorului sunt expuse nu doar la noi în țară ci și în muzeele diferitelor țări ale mapamondului.

Colecția de paleontologie este preponderent din Transilvania, dar nu numai, fiind și din alte colțuri ale României și lumii, expusă în ordine cronologică. Fosilele ale grupelor de animale nevertebrate pe care le puteți vedea sunt: foraminifere, graptoliți, corali, anelide, echinoderme, cefalopode, trilobiți și insecte, iar din grupa celor vertebrate: pești primitivi, fildeși, unele părți din Mammuthus primigenius, Megaloceros, Coelodonta antiquitatis, Marmota bobac, cai primitivi și altele. Aici trebuie amintită fosila descoperită în a doua jumătate a secolului XIX lângă Alba Iulia. Este vorba de tibia dinozaurului sauropod. La muzeu puteți admira și speciile de plante fosile din care vom aminti doar câteva: Alethopteris, Neuropteris și cea mai impresionantă fosilă din frunza de palmier de 70 milione de ani vechime, descoperită lângă Vințul de jos.

Colecția de zoologie cuprinde animale preparate și împăiate din grupa nevertebrate: spongieri, celenterate, viermi, moluște, artropode, din grupa vertebrate: pești, amfibieni, reptile, păsări și mamifere. Cele mai interesante păsări de amintit sunt cele din Delta Dunării și păsările exotice.

Ceea ce atrage atenția vizitatorilor sunt animale și fetuși umani cu malformații. Muzeul deține și un Ierbar format din plante superioare și inferioare presate.